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omicsPie|组学派官方博客

基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础之xcms2

基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础xcms2

之前我们介绍了代谢组学中基于xcms的峰检测技术(参见相关文章),在代谢组学数据,每一组代谢物峰(一般称之为feature)表征在该组数据中某一个代谢物(或其不通加合物或同位素),在数据分析过程中,我们需要获取每一组峰在每一个样品中的含量高低,一般我们采用峰检测结果中的峰面积来表征该代谢物在样品中的相对含量。为了方便跟代谢组学中用来注释同位素峰和加合物峰CAMERA包进行结合,我们在此仅以x......

代谢组学之未知物鉴定2

代谢组学之未知物鉴定2

1质谱数据库 根据化合物的二级质谱图对比质谱数据库是当前最快且最主流的用于化合物鉴定的手段。目前,公开的和商业化的质谱数据库包括了1-2百万张质谱图谱。 这些质谱数据一般都是用标准品采集的质谱信息,然后经授权上传到数据库中。近年来,通过计算机模拟生成in silico质谱图谱,也渐渐成为了质谱数据库的新宠。 数据库中代谢物的信息也逐步全面,包括采集的仪器类型、碰撞能量、电离模式、分子结构信息......

单变量数据分析简介

单变量数据分析简介

英国著名物理学家, 原子核物理学之父欧内斯特·卢瑟福曾经说过:“如果你的实验结果需要一个统计员,那你就需要重新设计一个实验了。”but啊,今时不同往日,我们现今的实验检测技术精度越来越高,微小的数据差异都能被捕捉到,而这些数据差异的规律也就很难仅仅通过简单计算与“普通观察法”被发现。So,现今实验不仅仅是需要统计学,简直是与统计相爱相杀。 啰嗦这么多,小编主要是想唤起实验小姐姐们对统计(......

代谢组学之未知物鉴定1

代谢组学之未知物鉴定1

非靶向代谢组学可以从一个单一样品中检测获得几百或几千个代谢物相对丰度,然而,被检测到的代谢物中大部分都是未知物。因此,未知物的鉴定成为制约代谢组学研究及应用的瓶颈。 开展基于质谱技术的未知物结构解析,首先就得了解我们常用的质谱数据库有哪些,小编今天就来扒一扒常见的化合物数据库。 很多化合物的数据库都是完全开放的(至少在我们非商业化职使用的程度上),这一点我们必须得知道,就算这些化合物......

R语言入门知识

R语言入门知识

这篇文章开始介绍R的基本知识,来让初步学习R语言的同学们能够快速入门。已经入门的同学请略过本文,否则你将浪费人生中的十分钟。。。 1. 数据结构 向量 (vector):R语言中的战斗机 向量类型是R语言的核心,很多运算都涉及到向量。我们先来一个最简单的向量。 直接在控制台(Rstudio左下角的那个地方)中输入: 1x <- 3x x就是一个向量,一维的,3就是元素,只是只有一个,光......

陪生物样本宝宝来一场奇妙的旅行(上)

陪生物样本宝宝来一场奇妙的旅行(上)

现代技术的发展让我们有了越来越强大的仪器,分析手段和平台,统计算法,帮助我们研究人体的奥秘,探索自然的奇迹。琳琅满目的open source数据库也让我们感觉到接近真理是越来越简单的事情了(oh, really?!)。当我们一路披荆斩棘勇往直前的时候,很容易忘记了这所有狂拽酷炫技术的基础是什么。俗话说,巧妇难为无米之炊。小编认为,是好的idea 和高质量的样本。今天想跟给大家讨论的是小编认......

脂质组学入门篇

葵花宝典,初入江湖

开篇第一句:欲练此功,必先…… 必先关注公众号,潜心科研。(想啥呢,诸位看官……) 《葵发宝典之脂质组学入门篇》系混迹脂质组分析x年的小编为人民服务所编(著),本章节将主要介绍入门知识,什么是脂质组学,为什么要做脂质组,及常用的(不花钱的)脂质数据库或工具。进阶篇将介绍脂质组的研究手段和分析策略。高阶篇将介绍脂质组的应用案例和大师剖析。(如果你有脂质组分析的疑问,可以留言告知小编。)......

遇见,你的专属对象

遇见,你的专属对象

提及实验设计,科研工作者们并不陌生,甚至可以轻松列举出实验设计的各条基本要素及基本原则。然而,组学项目的研究者往往更多关注复杂数据的处理与分析环节,对实验设计环节却重视不够,普遍存在“可获得样本、实验条件、研究经费”简单组合的粗犷设计现象,至于科研结果就只能“三分靠打拼,七分靠运气”了。 事实上,优秀的科研成果当然离不开特定的研究条件和爆棚的“运气”,但严谨的实验设计却绝对能够让你离这......

基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础xcms1

基于质谱技术的非靶向代谢组学数据处理基础xcms1

基于质谱技术的非靶向代谢组学主要用于代谢物的概括分析(profiling), 获取样品中所含代谢物的含量信息,结合代谢物峰的注释,亦可以获取样品中所含代谢物类别。数据采集方式分为数据依赖型采集(Data Dependent Acquisition, DDA)和数据非依赖型采集(Data Independent Acquisition, DIA)两种。作为数据分析的基础,代谢物峰检测及不同样品......

代谢组学原来是三兄弟啊

代谢组学原来是三兄弟啊

当今时代,组学概念层出不穷,从开始的基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学,到现代细分出来的暴露组学、食品组学、中药组学等。今天我们就来聊聊小编所理解的代谢组学。 代谢组学是2000年代末兴起的一门学科,其主要有三个学科交叉组学,包括化学、生物信息学和生物学。 所谓化学 所谓化学,就是我们如何通过仪器分析获得样品中代谢物的相对或绝对含量。(1)第一步就是得先知道如何萃取样品中的代谢物,......