脂质组学入门篇

葵花宝典,初入江湖

Posted by omicsPie on 2018-06-02

开篇第一句:欲练此功,必先……

必先关注公众号,潜心科研。(想啥呢,诸位看官……)

《葵发宝典之脂质组学入门篇》系混迹脂质组分析x年的小编为人民服务所编(著),本章节将主要介绍入门知识,什么是脂质组学,为什么要做脂质组,及常用的(不花钱的)脂质数据库或工具。进阶篇将介绍脂质组的研究手段和分析策略。高阶篇将介绍脂质组的应用案例和大师剖析。(如果你有脂质组分析的疑问,可以留言告知小编。)

-------------------------啥是脂质组学?

2003年韩贤林教授等首次提出脂质组学的概念,即对生物体系脂质进行全面系统的分析。它主要研究生物体系(生物体、组织、细胞甚至亚细胞)受刺激或扰动后,脂质种类、亚种类或单个脂质分子的变化。

脂类作为脂质组学研究的内容,依据“脂质代谢途径研究计划”(LIPIDMAPS)可分为八大类:脂肪酸类(Fatty Acyls),甘油脂类(Glycerolipids),甘油磷脂类(Glycerophospholipids),鞘脂类(Sphingolipids),固醇类(Sterol Lipids),异戊烯醇类(Prenol Lipids),糖酯类(Saccharolipids),多聚乙烯类(Polyketides)。总的来说,脂类具有数目众多、结构多样的特点,这就给脂质组分析带来了一定的难度。

(PS小伙伴如果对各类脂质等好奇的话,留言留言,小编也可以搞搞番外篇来说说这些个东东,一切本着为人民服务,建设祖国的宗旨~~)

------------------------------为啥做脂质组?

为啥做脂质组呢?

因为火啊!!!

近几年,脂质组相关的文章,其发表的数目呈火箭式增长。究其原因,脂质组学发展促进了脂质功能研究,大家越来越多地认识到除了蛋白质,代谢物或者脂质分子在生命体中也发挥重要作用。大家最熟知的脂质功能,就是调控膜的物理化学性质,比如影响膜的曲率进而调控膜重构的过程。图样图森破。。。脂质功能实质非常强大!除了是构成膜的主要成分外,它还具有能量存储,信号转导的功能,此外某些特定类型的脂质还具有特定的功能,比如缩醛磷脂的抗氧化作用,肉毒碱的穿梭循环系统,心磷脂参与的线粒体呼吸作用等等。

(小编推荐几篇综述,感兴趣的小伙伴邮箱留言,将以邮件的形式发送给您~)

---------有啥推荐的脂质数据库或工具?

这个就厉害啦,好用还不花钱~~

1,LIPID MAPS

网址:http://www.lipidmaps.org/

推荐:五颗星

LipidMAPS是美国国立卫生院推进的“脂质代谢途径研究计划”,涵盖目前最权威的脂类分类、命名法和结构信息,还囊括了众多的脂质组定性定量方法。此外,它还提供了一些生物信息学分析工具,比如基于质谱的脂质定性工具,通过给定特定的m/z,或特征子离子信息,或二级谱图信息,可以预测可能的脂质分子;又比如可以管理、可视化及编辑脂质信号通路等。

不管做不做脂质组分析,都建议您先收藏,有利器,才好闯江湖~

2, Avanti

网址:https://avantilipids.com/

推荐:四颗星

Avanti Polar Lipids以出售高纯度的脂质标准品闻名,包含定性、定量(氘代)及成像(荧光基团标记)所需的各类脂质分子。此外,它还提供了非常实用的技术支持,包括脂质体制备方案、脂质-DNA制备方案、脂质提取方案等。

如果您实验过程中涉及脂质相关实验,建议您收藏,有备无患~

3,LipidIMMS Analyzer

网址:http://imms.zhulab.cn/LipidIMMS/

推荐:五颗星

LipidIMMS Analyzer是国内知名代谢组学专家朱正江课题组提供的自动化数据处理和脂质鉴定的开源网站,可以处理多种类型的基于质谱的数据,内嵌271,114个脂质分子及化学结构信息,包含精确质量数(m/z)数据库,保留时间(RT)数据库,碰撞截面积(CCS)数据库和二级质谱图(MS/MS)数据库,其简单易操作的可视化界面可以帮助小伙伴快速入门脂质组。

小编良心推荐,必须收藏!!

4, LipidBank

网址:http://lipidbank.jp/

推荐:三颗星

5, Lipid Library

网址:http://lipidlibrary.aocs.org/index.cfm

推荐:三颗星

说了这么多,小编都有点困了,饿了困了,喝瓶奶……可是产品琳琅满目,高温灭菌奶、调制乳、营养强化奶……哪一种才能喝出健康,喝出科研灵感呢?

不怕不怕,接下来的进阶篇将介绍脂质组的研究手段和分析策略,测个牛奶中的脂质组,小意思啦~妈妈再也不用担心我的科研做不好啦~