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一览众山大之代谢组学分析方法

一览众山大之代谢组学分析方法

山不在高,有仙则名。在代谢组学实验中,各种分析手段那是各显身手,神通广大,没有最好,只有更好! 童鞋们初入代谢组学领域是不是有选择综合症了~莫慌莫慌,小编带领大家好好对比各中优势,大家可以根据自身需求各取所长。 在代谢组学研究中,目前最常用的分析手段是核磁共振技术(Nuclear Magnetic Resonance, NMR)和质谱技术(Mass Spectrometry, MS)。 首先......

数据读取和输出

数据读取和输出

数据的读取和输出 我们使用R语言来进行数据处理,那么就需要将本地的数据读取到R中,当在R中进行一定的处理之后,我们也需要将处理之后的数据输出。因此,本文就给大家介绍一下,R语言中最基本的数据读取和输出的方法。 如何设置工作路径 工作路径(work directory)是指当前R的文件夹地址在哪?如果想知道自己现在的工作路径是什么,可以使用下列代码: 1getwd() 就会显示出来当前的工作路......

R语言入门

R语言入门

这篇文章开始介绍R的基本知识,来让初步学习R语言的同学们能够快速入门。已经入门的同学请略过本文,否则你将浪费人生中的十分钟。。。 1. 数据结构 向量 (vector):R语言中的战斗机 向量类型是R语言的核心,很多运算都涉及到向量。我们先来一个最简单的向量。 直接在控制台(Rstudio左下角的那个地方)中输入: 12x <- 3x x就是一个向量,一维的,3就是元素,只是只有一个,......

R语言大利器之Rstudio安装

R语言大利器之Rstudio安装

俗话说,工欲善其事,必先利其器,R语言就有这么一件利器。很多第一次接触R语言的人,无不被R语言自带的IDE(集成开发环境)逼疯,甚至望而却步,对R语言好感尽失。虽然也有其他的IDE出现,但是不得不说,Rstudio的出现,大大拯救了那些在R语言苦海学习中的人。Rstudio是美国Rstudio公司开发的,界面简单,炫酷,实用,是R语言学习使用的利器。下面简单介绍一下怎么安装Rsudio,后面......

MetDNA instruction

MetDNA instruction

Ⅰ数据准备 MetDNA需要准备的数据包括一级数据peak table(csv格式),二级数据(mgf格式)(csv格式)。点击下载和。 Table 1: demo数据信息 组别 个数 含义 QC 8 QC W03 10 野生型3天 W30 10 野生型30天 E03 10 突变型E3天 E30 10 突变型E30天 P03 10 突变型P3天 P3......

MetCleaning

MetCleaning使用说明

Introduction MetCleaning provides an integrated and automatic pipeline for data cleaning and statistical analysis of large scale mass spectrometry (MS) based-metabolomic data. It includes missing ......

R语言爬取HMDB数据库

R语言爬取HMDB数据库

R语言爬虫 虽然相对于python来说,R语言爬虫并不是那么流行,但是对于比较小的数据爬取量,使用R还是很方便的。R的数据爬取比较流行的是利用XML和RCurl包进行爬取,在这篇博客里面,我就利用XML和RCurl包进行KEGG和HMDB的数据爬取。 爬取KEGG通路信息 因为我需要的信息是KEGG的通路信息,比较简单,也就是每个通路包含哪些代谢物,只要人的metaboloic path......